بعد تدمير الأرض من قبل أشكال الحياة الغريبة الغامضة المعروفة باسم Gauna ، هربت بقايا الجنس البشري الباقية إلى الفضاء في سفينة الجيل الهائل Sidonia. بعد أن انجرفت عبر الفضاء لآلاف السنين ، وجدت Sidonia نفسها مرة أخرى تحت هجوم من Gauna لأول مرة منذ قرن. مرة أخرى في مواجهة خطر الانقراض ، تم تحقيق انتصار مؤقت على Gauna بفضل الهجين البشري Gauna Tsumugi Shiraui والطيار الآلي في Guardian Nagate Tanikaze. بعد 10 سنوات ... أهالي صيدونيا ينعمون براحة قصيرة. تمر الأيام السلمية ، حيث تبدأ تسوموجي في إدراك مشاعرها تجاه ناجيت ، التي يتم الاحتفال بها الآن كبطل في سيدونيا. ومع ذلك ، وكما يعرف الكابتن كوباياشي دائمًا ، طالما بقيت غاونا ، فلن يدوم السلام. تم اتخاذ القرار: معركة نهائية ، يتوقف عليها مصير آخر الناجين من البشرية. مع اقتراب النهاية ، هل سيتمكن الطاقم من حماية من يحبونهم؟